天然水蛭素对各种血栓疾病如血栓和弥漫性血管凝血等有独特的防治效果，同时用于外科手术后预防动脉血栓的形成，预防溶解血栓后者或血管再造后血栓的形成;改善体外血液循环还有血液透析过程，并能促进伤口愈合等。在肿瘤治疗上也能发挥作用。

天然水蛭素除具有蛋白的营养作用外，还能改善人体微循环，消除自由基，延缓衰老，免疫，降血脂等，对人体具有不可替代调节作用，这些作用几乎涉及到人体的所有生理活动，例如:神经、消化、吸收、代谢、循环、生长、生殖和内分泌等。

天然水蛭素能够直接自主迅速渗透到皮肤深层，降低血液粘度、加快血流速度、改善面部微循环，维持正常的新陈代谢，抑制或减少黑色素的形成，并有消炎和消肿的作用，对粉刺、痤疮及细腻皮肤、收缩毛孔、增白防晒具有独特的效果，且无刺激、无毒副作用。结合其它护肤品使用，除发挥天然水蛭素的功效外，还可以帮助其它护肤品中的营养成分更好地渗入到皮肤深层而被吸收。

与现在应用最广泛的抗凝血酶药物--肝素相比.天然水蛭素具有以下优点:

第一，水蛭素与水蛭肽抑制凝血酶的反应不需要抗凝血酶Ⅲ(AT-Ⅲ)作为辅助因子，使其抗凝作用与量效关系更吻合，而且可在缺乏抗凝血酶Ⅲ的病人(如弥漫性血管内凝血)中使用。

第二，肝素不能灭活结和于血栓上的凝血酶。而水蛭素与水蛭肽则对循环中的和结合于血栓上的凝血酶都可以抑制。

第三，肝素会被激活的血小板释放的血小板因子4(PTF4)或富含组氨基酸的糖蛋白等结合，水蛭素与水蛭肽则不受这些因素的影响。

第四，水蛭素与水蛭肽用于抗血栓治疗，出血副作用较小，且无过敏反应和免疫原性无毒反应。